Jen pár hodin po skončení Rally Portugal obdržely všechny posádky, které jely s vozy Ford Focus WRC 06, pětiminutovou penalizaci. Při závěrečné technické přejímce totiž komisaři zjistili, že boční okna těchto vozů měly tloušťku pouze 3,1 milimetru, zatímco předepsaná hodnota je o čtyři desetiny větší. Jelikož tento nedostatek neznamenal pro posádky výhodu například v podobě nižší hmotnosti vozů, rozhodla se jury postižené dvojice nevyloučit, ale pouze potrestat udělením trestných minut.

V důsledku tohoto rozhodnutí přišel tým BP-Ford o umístění na medailových pozicích, když Grönholm a Hirvonen sestoupili o několik míst níže ze druhého, resp. třetího místa. Pro „Bosseho“ to navíc znamenalo opuštění průběžné vedoucí pozice celého šampionátu. Dalšími postiženými byl soukromý jezdec Gareth McHale stejně jako všichni tři jezdci týmu Stobart - Jari-Matti Latvala, Henning Solberg a Matthew Wilson.

Na zasedání sportovních a technických komisařů společnost M-Sport připravující závodní Fordy svou chybu uznala, přislíbila nápravu a prošetření, jak k celé situaci došlo.

Nyní byly zveřejněny výsledky vnitřního auditu, podle kterých byl externím dodavatelem do M-Sportu přivezen nevyhovující materiál, jehož chyba však nabyla zavčasu odhalena. Všechna okna na vozech vybavených vadnými díly již byla vyměněna novými, které splňují homologační předpisy. M-Sport nyní zavádí pečlivější kontrolu dodávek materiálů a dílů, aby k podobným excesům již nedocházelo.

Šéf M-Sportu Malcolm Wilson uznal rozhodnutí komisařů z portugalské soutěže: „Velice nás mrzí, že tento problém nastal, a musím říct, že jury na portugalské rally rozhodla adekvátně dané situaci. Nyní už tento problém bereme jako vyřešený a opět se začínáme soustředit na samotné rally. Chtěli bychom maximálně upevnit naši vedoucí pozici v hodnocení značek, stejně jako v klasifikaci jezdců. Nejbližší příležitost budeme mít už začátkem května v Argentině.“